С развитием ВВС всё больше возрастала роль и значение пунктов управления авиацией. 4 октября 1938 года при управлении Военно-воздушных Сил создан 7-й отдел авиадиспетчерской службы, который стал прообразом командного пункта ВВС. Формировал его майор Карпович А.Ф., который в последствии стал генерал-майором авиации. С этой знаменательной даты и ведется история образования ЦКП ВВС.

27 декабря 1940 года приказом Народного комиссара обороны СССР Управление ПВО РККА было преобразовано в Главное управление ПВО Красной Армии.

В начале войны Войска противовоздушной обороны также оформляются в самостоятельный вид Вооруженных Сил с расширением функций и задач своих центральных органов военного управления.

Война подтвердила высокую эффективность применения авиации и войск ПВО при создании оперативных объединений фронтовой авиации, оперативно-стратегических и оперативных объединений (фронтов и армий) противовоздушной обороны.

Созданная система командных пунктов в тяжелых условиях Великой Отечественной войны обеспечила командованию ВВС непрерывное управление боевыми действиями авиацией.

В послевоенные годы система командных пунктов ВВС и Войск ПВО получила своё дальнейшее развитие и совершенствование.

В 1946 — 1955 гг. были осуществлены крупные организационные изменения в Войсках ПВО. В июне 1948 года Политбюро ЦК КПСС одобрило новую систему организации противовоздушной обороны страны. Впервые в наших уставах было записано, что Войска ПВО наряду с Сухопутными войсками, Военно-Воздушными Силами и Военно-Морским Флотом являются самостоятельным видом Вооруженных Сил.

В послевоенный период принимаются меры по совершенствованию вооружения Войск ПВО. В 1949 году в истребительную авиацию начали поступать реактивные самолеты МиГ-15, МиГ-17, Як-15 и Ла-15, обладавшие по тому времени высокими тактико-техническими данными. С 1952 года Войска ПВО стали получать зенитную ракетную технику. В их составе выделился новый род войск — зенитные ракетные войска. Полное перевооружение станциями П-3, П-8, П-20 и другими радиолокационными системами войск ВНОС вызвало их преобразование в 1952 году в радиотехнические войска ПВО.

В итоге к 1954 году была создана единая система противовоздушной обороны страны, которая включала все силы и средства ПВО, предназначенные для обороны территории СССР и защиты его воздушных границ. В этом же году введена должность главнокомандующего Войсками ПВО. Одновременно были реорганизованы подчиненные ему аппарат и войска.

1-ого августа 1954 года директивой Генерального штаба был сформирован Центральный командный пункт Главнокомандующего Войсками ПВО страны в составе Группы боевого управления и Центрального поста войск наблюдения, оповещения и связи.

До объединения ВВС и ПВО две базовых составляющих современного Центрального командного пункта Военно-воздушных сил: ЦКП ВВС и ЦКП Войск ПВО развивались автономно, независимо друг от друга.

На основании директивы Генерального штаба в конце 1956 года на базе 7-ого отдела авиадиспетчерской службы был сформирован командный пункт управления полетами ВВС с непосредственным подчинением заместителю начальника Главного штаба ВВС по летной службе. Первым начальником КПУ полётами был генерал-майор авиации Комаров М.В.

На ЦКП Главнокомандующего Войсками ПВО в 1958 году центральный пост войск наблюдения и связи переименован в центральный пост РТВ, а в 1960 году и он был упразднён. Направления на РТВ введены в группу боевого управления. В этот же период в состав ЦКП ПВО вводится группа разведки, оповещения и контроля полётов своей авиации.

Во исполнение директивы Генерального штаба в сентябре 1961 года начато строительство железобетонного сооружения котлованного типа для Защищенного пункта управления ВВС.

Одновременно строился и запасной командный пункт ГК ВВС с узлом связи.

ЦКП ГК Войск ПВО в 1963 году передислоцируется в специально построенный защищенный объект, а в целях совершенствования системы управления дежурными сменами Войск ПВО страны проходят изменения в оргштатной структуре:

с 1962 по 1975 год в его состав вводятся разведывательно-информационный центр, группа, а затем центр оперативной разведки, центр автоматизированных систем управления.

В 1964 году на основании директивы Генерального штаба ВС и Главного штаба ВВС сформирована эксплуатационная комендатура ВВС (в/часть 77117) с подчинением ВВС МВО. В 1974 году в соответствии с Положением, утвержденным начальником Главного штаба Военно-воздушных сил, эксплуатационная комендатура подчинена начальнику объекта - начальнику ЦКП ВВС.

20 декабря 1966 года Государственная комиссия подписала акт о приемке в эксплуатацию объекта.

Приказом Министра Обороны СССР 6 января 1967 года вводился в действие Защищенный пункт управления ВВС.

1 февраля 1967 года заступила 1-ая оперативная дежурная смена, возглавляемая полковником Юферовым Н.П., а сам КП управления полетами был переименован в ЦКП ВВС.

20 апреля 1967 года начальник Главного штаба ВВС утвердил первое Положение об оперативной группе для объекта, а директивой ГШ ВВС было определено назначение ЗКП ВВС в особый период и при проведении оперативных мероприятий, на котором все трудности реорганизации Центральных командных пунктов ВВС и ПВО легли прежде всего на плечи командования тех лет, ныне наших многоуважаемых ветеранов: